Cela veut dire que ça vaut cher. du moins si l’on considère la matière grise qu’elle (la peau) enveloppe, comme une denrée précieuse. par ailleurs l’expression elle même est le résultat d’une contamination génétique réciproque des expressions « ça vaut la peau des fesses » et « ça vaut les yeux de la tête ».